Ο Δήμος Επιδαύρου διαιρείται σε δύο δημοτικές ενότητες, οι οποίες προέκυψαν από την συνένωση των αντίστοιχων καποδιστριακών δήμων:
- Δημοτική Ενότητα Ασκληπιείου: Με έδρα το Λυγουριό, το οποίο αποτελεί και την έδρα ολόκληρου του διευρυμένου Δήμου Επιδαύρου.
- Δημοτική Ενότητα Επιδαύρου: Με ιστορική έδρα την Αρχαία Επίδαυρο (Παλαιά Επίδαυρος)